宏基因组de novo测序
宏基因组学也称为元基因组学，是以样品中的微生物群落作为整体进行研究的学科，以功能基因筛选和测序分析为研究手段，能够解释微生物群落多样性、种群结构、进化关系、功能活性、相互协作关系及环境之间的关系。
基于转录组基因快速定位
BSA与RNA-seq相结合，不仅可开发出大量的SNP标记，且结合BSA能够精细定位单性状紧密连锁的分子标记及基因，并进行转录组分析，同时显著降低研究成本。
微生物基因组重测序
全基因组重测序是对基因组序列已知物种的个体进行基因组测序，并在个体或群体水平进行差异性分析的方法。重测序能够检测全基因组的罕见变异，可获得大量的单核苷酸多态性（SNP）信息、序列的插入缺失位点信息。
真菌基因组测序（比较基因组 基因功能 基因注释）
真菌属于较低等的真核生物，基因组较小；真菌基因组的测序将为真菌特性的分析提供有用的依据；随着新一代高通量技术的成熟，真菌基因组测序成本已大大降低。